1、作者通過懷念藤野先生，贊揚藤野先生沒有民族偏見的偉大性格和正直、熱忱、高尚的品質，回顧瞭自己在日本求學時期探索救國道路和思想轉變的過程：為瞭祖國的前途和命運，毅然地放棄瞭跟隨生平最敬愛的老師一一藤野先生學習醫學，擯棄瞭科學救國的改良主義道路，改為從事文藝運動以喚醒人民群眾起來革命；從而激勵自己要永遠不忘革命的初衷，決心同封建及帝國主義勢力鬥爭到底。
2、文章一開頭就寫目擊東京“清國留學生”的醉生夢死，激起自己想“到別的地方去看看”的原因。接著寫去仙臺醫學專門學校，這是此文的主體，著重寫藤野先生對自己的關懷、教育的深厚情誼，以及放棄學醫的思想變化原因。這部分在寫藤野先生之前，敘述瞭從東京去仙臺的途中所見以及在仙臺醫專所受的優待。最後“從離開仙臺之後”到結尾，寫出瞭魯迅對藤野先生的深深懷念以及藤野先生給魯迅的激勵和鞭策。魯迅回國以後，之所以沒有和藤野先生通信和寄照片，這是“因為狀況也無聊，說起來也無非使他失望，便連信也怕敢寫瞭。”這裡透露瞭作者對辛亥革命後中國依然是半殖民地半封建社會的現狀的失望和不滿，從而也覺得無法報答藤野先生對自己對中國人民的關心和期望，含蓄的筆調更加強瞭文章思想的深度。接著寫對藤野先生的敬仰和懷念：我“時時記起他，在我所認為我師的之中，他是最使我感激，給我鼓勵的一個”。在對藤野先生的評價後，魯迅先生更進一步揭示藤野先生的思想境界：“他的對於我的熱心的希望，不倦的教誨”，“是為中國”，“希望中國有新的醫學”；“是為學術”，“希望新的醫學傳到中國去”。正因為藤野先生對魯迅的關心乃是對中國人民的關心，所以魯迅懷著深深的敬意贊頌“他的性格，在我的眼裡和心裡是偉大的”。
