1、水災後飲用水的消毒
洪澇災害期間，水源容易受到細菌、病毒、寄生蟲卵、幼蟲的污染，喝這樣的水，用這樣的水洗食品、餐具或刷牙、漱口，便容易引起疾病的傳播。因此註意飲水的消毒是非常重要的。
飲水的消毒方法很多，簡便實用的是煮沸消毒和氯化消毒法。
2、水災後對環境的消毒
（1）及時修復被洪水淹沒的公廁、收集站點的設施，並進行消毒處理。糞便處理不好，極易污染水源，孳生蠅類。災民安置點設臨時廁所，不隨地大小便。糞便消毒采用10份糞水加1份漂白粉，攪拌，2小時後倒在指定地點掩埋。腸道傳染病人的糞便，按5份與漂白粉1份的比例，或加等量生石灰，攪勻2-4小時後，倒在指定地點掩埋。
（2）對清淤後的環境可用1000-2000mg/L有效氯溶液(每1公斤水加5g-10g漂白粉，漂白粉有效氯按20%計)噴灑消毒30分鐘。
（3）對水災致死的傢畜、傢禽等動物屍體要及時清理和掩埋或焚燒。先用5%漂白粉上清液噴霧消毒1-2小時後，裝入塑料袋，投入深坑，掩埋地要遠離居住地和距水源50m外，挖坑深≥2m，在坑底和動物屍體上層應用漂白粉按20-40克/m2的量處理後覆土掩埋壓實。
（4）消毒：可燃物質盡量焚燒，也可噴灑10000mg/L有效氯含氯消毒劑溶液，作用60分鐘以上。消毒後深埋。
3、水災後的滅蠅工作
大雨過後，蒼蠅孳生地因水淹，蠅幼蟲大多死亡，但由於水的沖刷使生活及有機物漂流到各種死角和縫隙處，形成面廣、量大的新孳生源地，因此雨後滅蠅應從以下入手：
（1）清除過水後的死角，徹底消除蒼蠅孳生地.
（2）旱廁及時清挖，傢庭生活要註意裝袋封存，日產日清，防止散落。
（3）存放的幹草、樹葉等有機過水後發酵即可成為蒼蠅孳生源，也要及時清除或采取漚肥處理。
（4）成蠅可采取菊酯類藥物，如賽克寧稀釋50-80倍滯留噴灑或蠅拍捕殺的辦法進行殺滅。
4、水災後低窪區的滅鼠工作
大雨過後低窪區域大量過水，鼠洞被淹沒，因大傢鼠具有良好的遊泳能力，大部分個體存活，少部分病鼠或存活能力差的老鼠被淹死，對於鼠屍要統一挖坑深埋。存活下來的個體，由於生態環境的改變，探索行為加強，破壞性更大，此時可以采用多種措施如鼠夾、粘鼠板、鼠藥等單獨或同時佈放在老鼠經常活動的地方進行殺滅，切記千萬不要使用劇毒鼠藥，由於此時多水，劇毒鼠藥更易引起難以估計的後果。災後清潔環境、堵鼠洞、清除散落的生活是保證滅鼠效果的關鍵。
5、水災過後的滅蚊工作
蚊蟲孳生於水中，大雨過後由於雨水的沖刷作用，原孳生地的蚊幼蟲被水沖走，短時間內蚊蟲的密度可能不升反而會出現下降，但由於雨後空氣濕度增高，更適合成蚊叮刺吸血繁殖後代，成蚊吸血頻率增高。雨後各種積水增加，蚊蟲孳生地增多，在雨後大約10天左右蚊蟲密度將會形成一個高峰期，主要表現在人被叮的次數增加，同時被感染各種蚊媒傳染病，如流行性乙型腦炎(俗稱大腦炎)、登革熱等機會增加。因此大雨過後滅蚊的關鍵是消除各種積水，疏通溝渠，主要是房前屋後、院落內的盆罐積水要清除，特別是飲料瓶、礦泉水瓶，量多，面廣更應引起註意。再生資源收集點是重點單位，可采取菊酯類藥物如賽克寧稀釋50-80倍噴灑的辦法防止蚊幼蟲孳生。溝渠積水要及時疏通，對於觀賞池內積水可及時補充放養魚類，采取生物防治的辦法控制雨後蚊幼蟲的孳生。
