幽門螺桿菌一旦感染一般不會自愈，也就是不會自行消除的，它在胃內長期慢性的感染定植，會導致胃黏膜的炎癥，胃黏膜會從最初的慢性淺表性胃炎，也就是慢性非萎縮性胃炎，逐漸發展成萎縮性胃炎。會出現胃黏膜上皮的腸化、異型增生，甚至有部分人會發展到胃癌。因此，幽門螺桿菌感染以後，如果不存在有抗衡的因素，應該進行根除治療。但是在臨床上，也確實見到有些人之前幽門螺桿菌檢測是陽性，而在之後的某個時間細菌檢測又呈陰性，這裡面有幾種可能：第一、檢測方法本身是否準確，另外檢測時，有些數值處於邊界狀態可能就會不太準確，會出現每次檢查結果的重復性差。第二、選擇的檢測方法是否合適，因為幽門螺桿菌即使被根除掉以後，血清的抗體也會持續陽性，和呼氣試驗的檢測結果出現不一致。第三、有些感染者由於幽門螺桿菌感染導致胃黏膜的腸化萎縮，胃內的環境發生改變，不適合細菌再繼續定植的情況下，有時細菌也會自行消失，但是這時胃黏膜已經發生瞭萎縮腸化，成為胃癌前期病變。第四、還有一些情況是因為其他的感染性疾病，靜脈或者口服使用抗生素，所以也會在不知情的情況下使幽門螺桿菌被根除掉。幽門螺桿菌一旦感染，如果不進行幹預的話，一般情況下是不會自行消失的，還是要進行根除治療。
