1、小姑娘希達（SHEETA）是傳說中“天空之城拉普達（Laputa）”王族的後裔，那曾是超越地上文明不知幾千年的空中文明，但不知為何，希達的祖先離開“天空之城”，拋棄發達的科技，在地面上過起隱居的生活。然而一天，幾個不明身份的男子出現在她傢門口。
2、故事由希達所坐的軍隊飛行船遭到空中海盜的襲擊而開始。爭鬥中希達從萬米高空的飛行船上跌落下來……故事另外一個主人公少年巴斯（PASU）是礦工機師的學徒，這一天收工時，發現天上有個亮晶晶的東西正在慢慢地下落。是什麼？UFO？他飛也似的跑過去，發現是一個好可愛的女孩子，在一團藍光的包圍下從天上飄下來瞭。
3、第二天，希達在巴斯的房間裡醒來，發現房裡有一張“天空之城拉普達”的照片。這是巴斯的父親冒著生命的危險歷盡艱險才拍到的真正的天空之城，但除瞭巴斯之外，沒有人相信他。於是父親在鬱鬱寡歡中去世瞭。巴斯發誓，一定要向他人證實，世上真的有天空之城存在。
4、嗅覺靈敏的海盜很快就找上門來瞭。接下來就是一段令人眼花繚亂的追捕與逃跑鏡頭，最後二人在眾目睽睽之下掉入萬丈深的礦井，希達戴的飛行石又一次發光，令他二人安全飄落。礦井中，飛行石和井下的礦石發生共鳴，原來這裡曾是開采飛行石原料的地方，但提煉飛行石的技術，傳說隻有拉普達人才掌握著。
5、二人剛出礦井，就被軍隊的人抓住瞭。希達被帶往要塞，在那裡，一個叫穆斯卡的人給希達看一個巨大的機器人，說是從天空之城掉下來的，憑當時的科技無法令它再啟動。當天晚上，希達念起祖輩所流傳的尋求幫助的咒語，飛行石發出光茫，令機器人再次活起來，整個要塞變成火的海洋。
