1、國航分公司有：西南分公司(成都)、澳門航空、重慶分公司、內蒙古分公司(呼和浩特)、山東航空、貴州分公司等。
2、西南分公司(成都)。中國國際航空公司西南分公司前身是成立於1987年10月15日的中國西南航空公司，是中國民航第一傢按照政企分開改革原則組建起來的國傢骨幹航空公司。2002年10月30日，中國西南航空公司與中國國際航空公司重組，改組後成為中國國際航空公司西南分公司。正式啟用“中國國際航空公司西南分公司”的名稱，該公司總部依舊設立在成都。
3、貴州分公司。中國國際航空股份有限公司貴州分公司（以下簡稱國航貴州公司），成立於2006年06月19日，運營基地為貴陽市龍洞堡國際機場。主營國際、國內定期和不定期航空客、貨、郵和行李運輸業務；國內、國際公務飛行業務；飛機執管業務；航空器維修；航空公司間業務代理；與主管業務有關的地面服務和航空快遞（信件和信件性質的物品除外）；機上免稅品。
4、澳門航空。澳門航空（AirMacau）是一傢以中華人民共和國澳門特別行政區為基地的航空公司，澳門航空成立於1994年9月13日，於1995年11月9日開始正式作商業飛行。澳門航空是基地位於澳門的地區性國際航空公司，提供到中國臺灣、中國大陸、歐洲、東南亞與東亞的航線。主要樞紐基地是澳門國際機場。
5、內蒙古分公司。中國國際航空內蒙古有限公司簡稱內蒙古航空。2012年8月23日，中國國際航空內蒙古有限公司揭牌成立，標志著內蒙古自治區首傢本土航空公司正式成立。新成立的中國國際航空內蒙古有限公司註冊資本為10億元，是一傢由中國國際航空股份有限公司控股、內蒙古國有資產運營有限公司參股的現代化航空公司。其中中國國際航空占註冊資本80%，內蒙古國有資產運營有限公司占20%。
6、山東航空。山東航空成立於1994年，現擁有波音飛機120餘架，在濟南、青島、煙臺、廈門、重慶、北京等地設有分公司和飛行基地，經營國際、國內航線200餘條。
另外國航與國內外航空公司進行瞭廣泛的合作，已經和德國漢莎航空、美國聯合航空、港龍航空公司、全日空航空公司等19傢航空公司實行代碼共享，與84傢外航簽訂瞭SPA合作協議，與上海航空公司等國內航空公司實行代碼共享合作。
