1、根據果園樹齡套種。幼齡果園因果樹尚未封行，可在行間套種1-3年收獲的地黃、黃芩、菊花、黃芪、牛膝、板藍根、草決明、白術、柴胡等喜光的中藥材。成齡果園則應選擇喜陰或耐陰的中藥材套種。
2、根據果樹樹冠套種。樹冠及樹葉較稠密的果樹，如桃樹、櫻桃樹、杏樹、葡萄樹、柿樹等，可在行間套種半夏、黃精、靈芝、黃連等喜陰濕的中藥材。樹冠較稀疏的果樹，如蘋果樹、梨樹、山楂樹等則可在行間套種丹參、百合、天門冬等稍耐陰濕的中藥材。
3、根據果園類型套種。旱地果園可在行間套種耐旱中藥材，如柴胡、黃岑、黃芪、知母等。水澆地果園可在行間套種較喜濕、不耐寒的元胡、白芨、附子、北沙參等。山區果園可在行間套種喜濕、怕熱的黃連、黨參、重樓、西洋參等。
4、根據果樹樹種套種。棗樹、柿樹等發芽較遲的果樹，可在行間套種喜光但有夏眠習性的中藥材，如貝母、元胡等。桃、杏、櫻桃、批杷等果熟期在最熱月份到來之前的果樹，可在行間套種喜熱怕踐踏的茯苓、天麻等菌類中藥材，還可利用此階段樹冠的保濕、遮陽作用掛袋生產木耳和銀耳。
註意事項：種藥材不要離果樹太近，以防長瞭藥材傷瞭果樹；不要選擇木質化程度太強、長勢高大的藥材品種，以防藥材與果樹爭肥、爭水，又影響果樹的管理；要選擇適宜本地條件生長的藥材品種，以防因土壤、氣候條件不適宜，種下長不成，白費瞭勁，白搭瞭錢。
