1、做閩南魚幹的首要步驟是要將魚幹進行脫水處理，所以要根據魚類的大小分別采用背剖、腹剖和腹邊剖三種形式。背剖，一般用於魚大肉厚的。剖割時從魚背鰭下第二鱗片進刀，刀至魚頭骨時，微斜在頭骨正中切開。除去內臟及牙墩，把脊骨的血污及腹內黑衣粘膜，用刀片輕輕刮去。若魚身較大，應在脊背骨下及另一邊的肉厚處，分別開吞刀、夾刀及片刀，使鹽水易於滲透。魚小肉薄的，可采用腹剖。即在魚腹正中進刀，兩片對稱剖開。腹邊剖割的，可在魚身中線下邊切入，上至魚眼外圍，下到尾部肛門上為止。剖割後，去掉內臟。
2、洗滌，剖割後在血液凝固前，用刷子逐條地在清水中洗刷去血污、粘液，放進筐內，滴幹水分，即可進行醃制。也可以將洗滌後的魚體投入事先備好的鹵液中，浸洗3～5小時，取出滴幹鹵水，再行醃制。
3、鹽醃，根據魚體大小確定用鹽數量，一般每100千克魚用鹽18～24千克。冬、春季偏少，夏、秋季節偏多。醃制時，將鹽均勻地擦敷在魚體、魚鰓、吞刀、眼球及釣孔內。然後置於醃池內，肉面向上，魚鱗向下，魚頭稍放低，魚尾斜向上，層層排疊。疊至池口時，可繼續排疊，直至超出池口10～15厘米。經4～5小時後，魚體收縮至與池口平齊時，再加撒一層封口鹽，並用竹片蓋面，石頭加壓。使魚體浸入鹵水，充分吸收鹽分，脫出水分。夏天還可以避免蒼蠅在魚體上生蛆。
4、曬幹，魚出鹵時，利用鹵水將魚體洗刷一次，除去沾染的污物，滴幹鹵水後，排放於曬魚簾上。魚鱗向上，曬1～2小時後翻成肉面向上，曬至中午時，將魚收進室內或將竹簾兩頭掀起蓋上魚體，讓其涼至下午3～4時，利用弱陽光再曬。經過2～3天曬至魚肚魚鰓擠不出水分時，就幹燥瞭。
