1、土壤消毒劑有很多種，不同的消毒劑各有其優缺點。在我國傢庭養花常用的消毒藥物主要有多菌靈、代森鋅、甲基托佈津、菌清、甲醛溶液等。
2、從效率上來說，使用化學藥劑對土壤進行殺菌消毒是最快最好操作的，而且可以處理的土壤量更大，但化學藥劑消毒一般成本比較高，而且藥物殘留可能會對花卉的生長產生一定的不良影響。所以，最普遍的土壤消毒方法是利用高溫殺菌。
3、日光暴曬盆土消毒法。在夏秋季太陽光強烈的時候，將配置好的盆土碾碎薄薄地攤平在水泥板或鐵板上進行4至10天的暴曬，並不時翻動土壤，可將大多數的蟲卵和病菌殺死。這種方法的優點是可以處理大量的盆土、成本低、方法簡便。缺點是殺菌不徹底，對名貴的花卉苗木和抗性差的花木不適用。
4、薄膜覆蓋下的強光殺菌法。將澆透、濾去水的盆土搬到太陽下，用黑色塑料薄膜覆蓋盆沿並密封，在強光下曬4至10天，多數的病原體在高溫高濕的條件下會死亡。這種方法隻能在夏季或高溫天氣適用。
5、水煮消毒法。將盆土倒入裝有水的鍋內，加熱到100℃，煮1小時，濾去水、晾幹即可。
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