目前治療強直性脊柱炎主要的藥物仍然是非甾體抗炎藥。炎性的下腰痛、外周關節炎、肌腱端炎均應該選用非甾體抗炎藥，各種非甾體抗炎藥均可能有效。使用時應註意個體化，每個患者對於同種類的非甾體抗炎藥的反應性可能是不同的。初始劑量應該足量，使用4到7天以上方能決定該藥是否有效。不應同時合並使用兩種或兩種以上的非甾體抗炎藥，應隨癥狀緩解，減少非甾體抗炎藥的劑量，或更換作用時間長的緩釋劑型。使用任何一種非甾體抗炎藥，應註意可能的胃腸道和肝腎的不良反應。根據患者以往的用藥情況和目前狀況，選用最易耐受的非甾體抗炎藥，並應定期監測可能的不良反應。糖皮質激素一般不主張口服或者是靜脈全身使用，已經證實在強直性脊柱炎的長期治療中，全身使用糖皮質激素毫無價值，且副作用大。另外是對於難治性的虹膜炎，可能需要全身使用糖皮質激素，眼前色素膜炎可以通過擴瞳，及以糖皮質激素點眼得到較好的控制。柳氮磺胺吡啶是治療強直性脊柱炎首選的慢作用抗風濕藥，是唯一被證實對於強直性脊柱炎有一定療效的緩解病情藥，主要是對患者的外周關節有效。如果是活動性的強直性脊柱炎患者，經過柳氮和非甾體抗炎藥治療無效時，可以采用甲氨蝶蛉或者是來氟米特，這兩個藥對於外周關節炎都有肯定的療效。生物制劑是在過去幾年中治療強直性脊柱炎療法上的一次飛躍，它能夠迅速地控制關節滑膜的炎癥，延緩軟骨和骨的破壞，顯著降低致殘率，改善患者的生活質量，但是價格昂貴，國內的多數患者是難以長期承受治療的費用，安全性的問題也為臨床醫師所關註。