1、繳費標準不同。一檔：是以職工月工資總額的8.2%或7.2%的標準按月繳費，其中個人隻需交2%，單位交6.2%或5.2%。二檔：是以深圳市上年度在崗職工月平均工資為基數，繳費比較為0.8%，其中單位交0.6%，個人交0.2%。三檔：也是以深圳市上年度在崗職工平均工資為基數，繳費比例為0.55%，其中單位交0.45%，個人交0.1%。
2、住院報銷待遇。一檔和二檔：在定點醫院發生的醫療費用可按95%或90%報銷。三檔參保人在不同醫院就醫報銷比例不同，在一級醫院就醫按85%報銷，二級醫院按80%報銷，三級醫院按75%報銷。
3、普通門診待遇不同。參加一檔的參保人，是有醫保個人賬戶的，其賬戶餘額可用於支付醫療費用，在杜康中心發生的費用70%由個人賬戶支付，30%由統籌基金支付。參加二檔、三檔的話則沒有醫保個人支付。若發生甲類藥品、乙類藥品，門診統籌可按80%、60%報銷。發生醫保目錄單項診療或醫用材料可按90%報銷，最高報銷額度不超過120元。每年門診醫療費的支付限額為1000元。
關於深圳醫保一檔二檔三檔區別是什麼的問題就講到這裡瞭，以上三點是這三檔醫保的主要區別，另外它們還在普通門診輸血費用、門診大病待遇、體檢補貼、在市外就醫的待遇等方面存在區別。
