1、外形不同：馬克筆筆頭和筆桿則為扁的方形，也是由筆桿、筆芯、筆尖三部分構成;水彩筆筆頭和筆桿均為圓形，由筆桿、筆芯、筆尖三部分構成。
2、種類不同：馬克筆分為油性馬克筆和水性馬克筆兩種。油性馬克筆多用於一次性的快速繪圖，幹的很快，耐水、耐幹。雖然不能溶於水，但是能溶於酒精，如果筆幹掉瞭，在筆芯裡加入點酒精又可以接著用一段時間。水性馬克筆色彩明亮，能夠溶於水，幹瞭往筆芯內加點水也還能接著用一段時間。水彩筆有單色水彩筆、雙色水彩筆和多色水彩筆。單色水彩筆隻有顏色的區別，有12色、24色、36色等色號。雙色水彩筆書寫起來有2種顏色。多色水彩筆是由多種顏色的筆芯合在一起做成一個筆頭，常用於美工作畫。
3、用途不同：水彩筆水分足，色彩豐富，鮮艷，但是水分不均勻，過渡不自然，兩色在一起不好調和，所以一般適合畫兒童畫;馬克筆的水分均勻，色彩對比弱一些，2種色彩可以很好的協調，可以畫建築效果圖，工業設計效果圖，以及POP廣告等等。
4、價格不同：馬克筆的價格要高於水彩筆的價格。
綜上所述，馬克筆的效果最好、用途更廣，繪畫的效果也更專業，當然價格也更貴。所以對於馬克筆和水彩筆哪個比較適合入手，就要根據自己的用途來判斷選擇哪一種瞭。
