1、去碳功能。芽孢桿菌具有豐富的蛋白酶、脂肪酶、淀粉酶、纖維素酶、脫氫酶、脫羧酶、氧化酶等能強烈的分解碳系污染物，分解蛋白質和復雜多糖，對水溶性有機物分解也有重要的作用。芽孢桿菌通過其酶的作用，能分解懸浮物和底泥，從而維持水生生態環境平衡。把芽孢桿菌(菌液濃度≥1010個/g)投入養殖池，能降低水中COD、BOD，有效改善水質和周圍環境。
2、去氮、去硫功能。高密度集約化養殖給養殖池塘生態環境帶來瞭嚴重的污染，研究表明，池塘每生產1噸虹鱒池塘總磷和總氮的負載分別為25.6kg和124.2kg。過量的N、P排入水體引起池塘富營養化，在池塘內也易形成對水產動物有毒性的NH4+-N、H2S，影響動物的生長，甚至死亡。而芽孢桿菌可利用其豐富的酶，強烈分解氮系、硫系污染物，凈化養殖水體。
3、分解淤泥。用芽孢桿菌為主的微生物復合制劑，其活菌數為109個/g，用量為1.5~4.5mL/m3，經1個月試驗表明，池底淤泥被分解瞭3~125px。利用芽孢桿菌制劑改良底質的應用實驗結果表明，有機碳未出現積累，芽孢桿菌降解有機碳效果顯著；總氮出現積累現象，處理組與實驗組之間差異不顯著；碳氮比在底質中呈下降趨勢。
4、絮凝作用。芽孢桿菌有很好的絮凝作用，且復合芽孢菌株比單株芽孢桿菌的絮凝效果好。這種絮凝作用可以將水體中的有機碎屑互相粘連在一起，構成菌膠團，擔負氧化分解的任務，將有機物結合成絮狀，使重金屬離子、P元素沉淀，水體凈化。
5、硝化作用。硝酸根離子在芽孢桿菌作用下，經亞硝酸根離子，一氧化氮，一氧化二氮被還原為氮氣，即芽孢桿菌是好氧菌和兼性厭氧菌，以分子氧為載體，在供氧不充分的時間與空間，可以利用硝酸鹽為最終電子載體產生氮氧化合和氮氣，而起反硝化作用，將硝酸鹽移出系統外，提高pH。
總的來說，芽孢桿菌具有強烈的分解碳系、氮系、磷系、硫系污染物，分解蛋白質、復雜多糖、水溶性有機物的能力，已被廣泛應用。
